Climat chaud toute l’année avec une hausse de la température de décembre à avril (saison des pluies). Vent dans la région de Diego Suarez durant la saison sèche. Importantes variations de température entre la zone côtière et les hauts plateaux du centre.
De fin décembre à fin mars, principalement sur la zone Est de l’île, d’importants cyclones peuvent provoquer des dégâts matériels considérables (routes, hôtels, ravitaillements suspendus).