On trouve un grand nombre de langues vernaculaires au Soudan du sud, reconnues comme « langues nationales » par la Constitution et parlées par environ deux millions de personnes, notamment le bari, le toposa, le zandé et les langues moro-madi. La langue vernaculaire la plus importante est le nuer-dinka qui compte plus de 1,3 million de locuteurs. L'arabe de Djouba est aussi largement répandu.